Choć nikomu nie życzymy wizyty przedstawicieli fiskusa w firmie, to warto znać najważniejsze różnice pomiędzy kontrolą podatkową a celno-skarbową, ponieważ przekładają się one na prawa i obowiązki oraz warunki przeprowadzenia czynności kontrolnych.
Generalnie kontrola celno-skarbowa (która zastąpiła w tym roku kontrolę skarbową), jest przeprowadzana w przypadku poważnych naruszeń prawa podatkowego, a kontrola podatkowa ma miejsce w odniesieniu do spraw o mniejszej wadze i bieżącej weryfikacji rozliczeń. Bywa jednak tak, że obie te kontrole są prowadzone jednocześnie, nawet w stosunku do najmniejszych firm.
Kontrola celno-skarbowa przebiega głównie w oparciu o przepisy ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, a podatkowa na podstawie Ordynacji podatkowej i ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Zakres kontroli celno-skarbowej jest szerszy od kontroli podatkowej, ponieważ poza sprawdzeniem czy podmiot przestrzega przepisy prawa podatkowego obejmuje również obowiązki nałożone przez prawo celne, dewizowe i in.
Bardzo istotna z punktu widzenia firm jest kwestia powiadomienia o wszczęciu kontroli. O ile w przypadku kontroli podatkowej przedsiębiorca powinien być uprzedzony o terminie jej rozpoczęcia na tydzień przed wizytą urzędników, o tyle kontrola celno-skarbowa może być przeprowadzona bez wcześniejszego zawiadomienia. Różnica występuje też w zakresie właściwości miejscowej: jest ona zachowana w przypadku kontroli podatkowej, natomiast w przypadku celno-skarbowej już nie. Inny jest czas trwania obu kontroli: podatkowej wynosi dwa miesiące, a celno-skarbowej trzy – w obu przypadkach jest możliwość przedłużenia. Zakres, miejsce kontroli i uprawnienia urzędników są szersze przy kontroli celno-skarbowej. Różnice występują także w odniesieniu do terminu złożenia korekty deklaracji, a także złożenia zastrzeżeń: są dopuszczalne tylko przy kontroli podatkowej.