Ministerstwo Finansów rozwiewa wątpliwości dotyczące korygowania faktur do zera
Ministerstwo Finansów zajęło stanowisko w sprawie skutków podatkowych zerowania faktur wystawionych w Krajowym Systemie e-Faktur — wykluczając ryzyko podwójnego opodatkowania tej samej transakcji.
Zgodnie z dotychczasowym stanowiskiem resortu, faktura ustrukturyzowana wystawiona w KSeF powinna być korygowana „do zera” wyłącznie w przypadku błędu w numerze NIP nabywcy. W takim przypadku w jej miejsce wystawia się nową fakturę z prawidłowymi danymi identyfikacyjnymi. Pozostałe pomyłki należy natomiast poprawiać standardową fakturą korygującą, zgodnie z art. 106j ustawy o VAT — co MF potwierdziło m.in. w odpowiedzi na pytanie Stowarzyszenia Księgowych w Polsce z 13 kwietnia 2026 r.
Rozbieżność między MF a KIS
W praktyce stanowisko dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej nie zawsze pokrywało się z interpretacją ministerstwa. W wydanej 11 lutego 2026 r. interpretacji (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.1091.2025.1.JM) dyrektor KIS uznał, że korekta do zera jest wymagana nie tylko przy błędnym NIP-ie nabywcy, ale również w razie pomyłki w polu Podmiot3 — tj. w polu wskazującym podmiot faktycznie odbierający fakturę, niebędący jej nabywcą. W ocenie organu podatkowego poprawne wskazanie tego podmiotu jest niemożliwe bez wystawienia korekty zerującej i nowej faktury, co uzasadnił wymogami systemowymi KSeF. Gmina, której dotyczyła interpretacja, stała na odmiennym stanowisku — argumentując, że zwykła faktura korygująca wystarczy, aby samorządowa jednostka organizacyjna uzyskała dostęp do dokumentu w systemie.
Brak podwójnego opodatkowania
Kluczowe znaczenie praktyczne ma odpowiedź ministerstwa na pytanie o skutki podatkowe opisanej procedury. Resort wyraźnie odrzucił tezę, jakoby zerowanie faktury i wystawienie nowej prowadziło — choćby czasowo — do podwójnego opodatkowania tej samej czynności, a co za tym idzie, do powstania zaległości podatkowej i konieczności zapłaty odsetek za zwłokę.
Ministerstwo wyjaśniło, że faktura korygująca do zera powinna zostać ujęta w tym samym okresie rozliczeniowym co faktura pierwotna — a więc w tym, w którym powstał obowiązek podatkowy dla danej transakcji — niezależnie od bieżącej daty jej wystawienia. Uzasadnienie jest proste: przyczyna korekty istniała już w momencie wystawienia pierwotnego dokumentu. Nowa faktura nie dokumentuje zaś żadnej dodatkowej sprzedaży.
W konsekwencji obie faktury — korygująca do zera oraz nowo wystawiona z prawidłowymi danymi — trafiają do tego samego okresu rozliczeniowego. Jeżeli podatnik prawidłowo rozliczył już VAT należny od danej czynności, wystawienie nowej faktury ustrukturyzowanej nie rodzi obowiązku ponownej zapłaty podatku. Nie ma zatem podstaw do naliczania odsetek od rzekomej zaległości podatkowej.