KSeF – Poradnik dla lekarzy

Od 1 kwietnia 2026 r. a w rzeczywistości od 01 lutego 2026 r. – każdy lekarz, gabinet prywatny i spółka medyczna będzie musiała korzystać z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Obowiązek ten obejmie zarówno wystawianie faktur sprzedażowych (B2B), jak i odbieranie faktur kosztowych – za prąd, leasing, media czy sprzęt medyczny.
Wystawianie faktur ustrukturyzowanych poprzez KSeF będzie obowiązkowe zarówno dla czynnych podatników VAT jak i podatników zwolnionych z VAT.

W naszym poradniku wyjaśniamy, kogo dokładnie dotyczy KSeF, jakie są wyjątki dla mikroprzedsiębiorców, oraz jak przygotować gabinet lub spółkę medyczną, by uniknąć problemów w 2026 roku.

W momencie wejścia w życie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) – każdy podmiot prowadzący działalność gospodarczą w ochronie zdrowia – od jednoosobowego gabinetu lekarskiego aż po dużą spółkę medyczną – będzie musiał korzystać z KSeF przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych (np. za paliwo, media, leasing czy sprzęt).

Zwolnienie z KSeF – kto nie musi z niego korzystać? Wyjątki i sytuacje szczególne

Krajowy System e-Faktur (KSeF) ma na celu ujednolicenie procesu wystawiania i odbierania faktur w Polsce. Jednakże, istnieją określone sytuacje i grupy podmiotów, które są zwolnione z obowiązku korzystania z tego systemu.

Poniżej przedstawiamy najważniejsze wyjątki:​

– Faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (konsumentów) nie podlegają obowiązkowi przesyłania przez KSeF. W takich przypadkach faktury mogą być wystawiane w formie papierowej lub elektronicznej poza systemem KSeF. ​

– Mikroprzedsiębiorcy czyli podatnicy np. prywatne małe gabinety lekarskie których łączna wartość sprzedaży (wraz z podatkiem) udokumentowana fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10.000 zł – w okresie od dnia 1 kwietnia 2026 r do 31 grudnia 2026 r. będą mogli nadal wystawiać faktury w postaci takiej jak dotychczas, czyli faktury papierowe lub elektroniczne. Oznacza to, że ta grupa podatników będzie mogła fakturować poza KSeF. Stracą jednak oni to prawo począwszy od faktury, którą przekroczony zostanie wyznaczony limit miesięczny 10.000 zł. Przekroczenie limitu oznacza również brak możliwości powrotu do fakturowania poza KSeF przez taki gabinet.

– Kolejne odstępstwo od terminów wejścia w obligatoryjny KSeF dotyczy wystawianych na kasach fiskalnych ( w tym paragonów z NIP traktowanych jako faktury uproszczone). Faktury te do końca 2026 r. nie są objęte KSeF a zatem będą wystawiane tak jak do tej pory – poza KSeF (bez limitów). Od 01 stycznia 2027 r. nie będzie już możliwości wystawiania faktur na kasach fiskalnych.

Lekarze świadczący usługi zwolnione z VAT – typowe usługi medyczne

Kluczowa zasada

Zwolnienie z VAT nie stanowi zwolnienia z obowiązków związanych z KSeF. O tym, czy faktura ma być wystawiona w KSeF, decyduje przede wszystkim charakter transakcji oraz status nabywcy, w szczególności to, czy mamy do czynienia ze sprzedażą B2B, czy B2C.

Co realnie się zmienia

Najistotniejsza zmiana dotyczy obszaru kosztowego. Nawet przy zwolnieniu z VAT gabinet ponosi wydatki związane z działalnością, a dokumentujące je faktury będą funkcjonować w obiegu KSeF, m.in. za media, usługi telekomunikacyjne, leasing, sprzęt, serwis, oprogramowanie czy obsługę księgową.

Terminy

• Od 1 lutego 2026 r. należy zapewnić organizacyjnie i technicznie odbiór faktur kosztowych w KSeF.
• Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązki w zakresie wystawiania faktur w KSeF będą miały znaczenie przede wszystkim w sytuacjach, w których gabinet wystawia faktury w relacjach B2B, np. w ramach kontraktów lub świadczeń na rzecz podmiotów gospodarczych.

Najczęstszy model działalności

• Sprzedaż dominująco na rzecz pacjentów będących konsumentami oznacza, że fakturowanie B2C zasadniczo pozostaje poza obowiązkiem KSeF.
• Sporadyczne faktury wystawiane dla podmiotów gospodarczych wymagają stosowania zasad KSeF, z uwzględnieniem wyjątków i przepisów przejściowych, w tym limitu 10 000 zł, jeżeli ma on zastosowanie.

Lekarze bez zwolnienia z VAT (VAT czynny) – m.in. medycyna estetyczna, świadczenia komercyjne, usługi dla firm

Kluczowa zasada

Status czynnego podatnika VAT sam w sobie nie przesądza o obowiązku KSeF. W praktyce jednak lekarze VAT czynni częściej realizują świadczenia w relacjach B2B, a faktury dokumentujące sprzedaż B2B co do zasady podlegają obowiązkowi wystawienia w KSeF. Z tego powodu obowiązki KSeF są w tej grupie odczuwalne częściej i szerzej.

Co realnie się zmienia

Oprócz wdrożenia odbioru dokumentów kosztowych, konieczne jest przygotowanie procesu wystawiania faktur sprzedażowych w relacjach B2B, który w wielu przypadkach stanowi istotną część bieżącej działalności.

Terminy

• Od 1 lutego 2026 r. należy przygotować odbiór faktur kosztowych w KSeF.
• Od 1 kwietnia 2026 r. wystawianie faktur sprzedażowych w relacjach B2B powinno odbywać się zasadniczo przy użyciu KSeF, z uwzględnieniem wyjątków oraz okresu przejściowego do końca 2026 r., w tym limitu 10 000 zł, jeżeli ma on zastosowanie.

Najczęstszy model działalności

• Wysoki udział sprzedaży B2B oznacza regularne wystawianie faktur w KSeF po wejściu obowiązku.
• Sprzedaż na rzecz pacjentów będących konsumentami pozostaje poza obowiązkiem KSeF, jednak ciężar organizacyjny i tak wynika głównie z kosztów oraz sprzedaży B2B.

Co zrobić praktycznie?

1. Sprawdzić swoje oprogramowanie czy program będzie gotowy na KSeF.
2. Zalogować się do KSeF przez Profil Zaufany lub podpis kwalifikowany.
3. Nadać uprawnienia biuru rachunkowemu (jeśli prowadzisz KPiR z księgową).
4. Jeśli księgujesz sam – regularnie pobierać faktury z systemu.

Prywatna przychodnia medyczna

Niezależnie od formy prawnej, zasadniczo od 1 lutego 2026 r. przychodnia powinna być przygotowana do odbioru faktur kosztowych przez KSeF.
Jeżeli przychodnia jest czynnym podatnikiem VAT, od 1 kwietnia 2026 r. co do zasady obejmie ją również obowiązek wystawiania faktur sprzedażowych w relacjach B2B przy użyciu KSeF.

Specyfika przychodni

• duża liczba faktur kosztowych (media, usługi zewnętrzne, zakupy sprzętu, najem),
• częsta potrzeba obsługi KSeF w oparciu o system księgowy zintegrowany z rozwiązaniami kadrowo-płacowymi i obiegiem dokumentów,
• rekomendowane wyznaczenie osoby odpowiedzialnej za bieżącą obsługę KSeF po stronie administracji albo powierzenie tej obsługi biuru rachunkowemu (wraz z ustaleniem procedur i uprawnień).

Spółki medyczne (sp. z o.o., spółki komandytowe, spółki partnerskie)

Od 1 lutego 2026 r. spółki medyczne powinny zapewnić obsługę KSeF w zakresie odbioru faktur kosztowych.
Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązki obejmą również wystawianie faktur sprzedażowych w relacjach B2B (w szczególności u czynnych podatników VAT).

Obowiązki organizacyjne spółki

• wyznaczenie osób odpowiedzialnych za dostęp i obsługę KSeF (zarząd, wspólnicy, pełnomocnicy lub pracownicy),
• wdrożenie wewnętrznych zasad obiegu dokumentów: kto pobiera faktury, jak często, kto je weryfikuje i przekazuje do księgowości,
• w większych podmiotach (sieci przychodni, prywatne szpitale) przygotowanie integracji systemów medycznych i finansowo-księgowych z KSeF oraz zapewnienie ciągłości operacyjnej w razie nieobecności kluczowych osób.

Jakie faktury medycy odbiorą w KSeF?

• paliwo i eksploatacja samochodów (np. Orlen, BP, leasing floty),
• media (prąd, gaz, woda, internet, telefon w gabinecie/przychodni),
• zakupy sprzętu medycznego i materiałów (hurtownie medyczne, sklepy),
• leasingi, kredyty, wynajem (np. lokal, aparatura),
• usługi obce (sprzątanie, ochrona, serwis sprzętu, oprogramowanie, księgowość).

Każdy taki koszt będzie fakturowany wyłącznie w KSeF.

Jak się przygotować – wspólny schemat

1. Uzyskać dostęp do KSeF
   • przez Profil Zaufany, podpis kwalifikowany lub e-dowód,
   • w przypadku spółek – dostęp przez osoby uprawnione (zarząd, pełnomocnik) lub za pomocą pieczęci kwalifikowanej.
2. Nadać uprawnienia
   • księgowej lub pracownikowi administracyjnemu,
   • w spółkach – kilku osobom dla bezpieczeństwa.
3. Ustalić procedury
   • jak często sprawdzane są faktury w KSeF,
   • kto odpowiada za pobranie dokumentów,
   • jak faktury trafiają do księgowości.
4. Zintegrować systemy
   • gabinet lekarski może korzystać z prostego dostępu online,
   • większe przychodnie i spółki powinny wdrożyć integrację programu księgowego z KSeF

Podsumowanie

1. • Lekarze indywidualni zwolnieni z VAT, lekarze VAT-owcy, Prywatne przychodnie i spółki medyczne  – od 1 lutego 2026 r. będą odbierać faktury kosztowe w KSeF, nie będą musieli wystawiać faktur sprzedażowych dla osób fizycznych ale będą musieli wystawiać faktury przez KSeF dla firm.