Mimo, że aktualnie obowiązujące przepisy podatkowe na równi traktują faktury w wersji papierowej i elektronicznej, to podatnicy miewają problemy z odliczeniem VAT-u od skanowanych dokumentów. Tymczasem podatnik ma prawo zeskanować fakturę, zapisać ją w wersji elektronicznej, a papierowy oryginał zniszczyć. Wiele firm, które chcą ograniczyć ilość papierowych dokumentów tak robi, respektując jednocześnie zawarty w ustawie o VAT wymóg odpowiedniego sposobu archiwizacji oraz  udostępniania elektronicznych faktur na żądanie organu podatkowego. Niestety, nie wszystkie urzędy skarbowe zgadzają się na odliczenie VAT-u w razie braku dokumentu w wersji papierowej. W takiej sytuacji, powołując się na wiele korzystnych dla podatników interpretacji indywidualnych, warto dochodzić swoich spraw w postępowaniu podatkowym lub sądem administracyjnym.