Jeśli faktura została wystawiona przez pomyłkę lub klient zrezygnował z zakupu można ją anulować. Nie wchodzi to jednak w grę, gdy dokument trafił już do obrotu – np. został doręczony nabywcy.
Anulowanie faktury VAT jest zatem możliwe tylko pod warunkiem, że nie została doręczona kontrahentowi. Aby anulować fakturę konieczne jest posiadanie obu egzemplarzy dokumentu – należy je przekreślić, umieścić na nich własnoręcznie podpisaną notatkę wskazująca datę i powód anulowania faktury. Nie wolno zniszczyć i wyrzucić faktury – najlepiej założyć rejestr anulowanych faktur, aby w razie kontroli wykazać powód braku ciągłości w ewidencji sprzedaży. Anulowana faktura nie jest bowiem włączana do rejestru sprzedaży i przychodów.
Jeśli natomiast faktura trafiła do obrotu i została wprowadzona do dokumentacji księgowej u wystawcy i nabywcy towaru bądź usługi, to jedynym wyjściem w takiej sytuacji jest wystawienie faktury korygującej.