Zdarza się, że faktura zaginie lub ulegnie zniszczeniu i nabywca towarów lub usług zwróci się do sprzedawcy o ponowne wystawienie dokumentu. Wtedy wystawiany jest duplikat – ważne, aby spełniał on wymogi zawarte w przepisach.
O wydanie duplikatu może zwrócić się zarówno sprzedawca, jak i nabywca. W obu przypadkach wydanie duplikatu następuje w oparciu o dokument będący w posiadaniu drugiej strony transakcji.
Duplikat powinien zawierać te dane, które znajdowały się w fakturze pierwotnej, słowo „duplikat” oraz datę jego wystawienia. Prawidłowo wystawiony dokument na moc prawną identyczną jak faktura pierwotna, czyli stanowi podstawę do odliczenia podatku naliczonego.
Jeśli chodzi o odliczanie podatku VAT z duplikatu faktury, to odbywa się ono na zasadach ogólnych. Przykładowo, jeśli klient kupił towar we wrześniu, nie otrzymał faktury pierwotnej i zwrócił się o wydanie duplikatu, który otrzymał w październiku, to odliczy VAT najwcześniej w październiku, a jeśli tego nie zrobi, to w deklaracji za listopad bądź grudzień.
W sytuacji, gdy nabywca otrzymał fakturę pierwotną, ale została przez niego zagubiona lub zniszczona, za datę otrzymania dokumentu przyjmuje się datę otrzymania faktury pierwotnej i w tym okresie rozliczeniowym (lub jednym z dwóch kolejnych) można odliczyć VAT. Data otrzymania duplikatu jest w tym przypadku bez znaczenia.
Jeśli więc podatnik otrzymał fakturę w maju, ale nie zaksięgował jej, ponieważ zaginęła i otrzymał duplikat dopiero w sierpniu, to będzie mógł odliczyć VAT poprzez korektę deklaracji za maj, bo okresy rozliczeniowe VAT za maj i dwa kolejne okresy rozliczeniowe, tzn. czerwiec i lipiec, już minęły.